Está constituida por el conjunto de microorganismos que colonizan establemente la superficie epidérmica y la de las mucosas, especialmente la digestiva y la vaginal. La relación es habitualmente mutualista (beneficiosa para los dos socios) pero puede hacerse parasitaria si concurren circunstancias predisponentes. Sus funciones se agrupan en dos grandes categorías: metabolismo y protección frente a la infección. Dentro de la primera, destaca el suministro de nutrientes esenciales, como vitaminas y algunos aminoácidos y de la energía presente en compuestos no digeribles. Dentro de la segunda tenemos el antagonismo microbiano, que impide el asentamiento de microorganismos patógenos sobre nuestras mucosas y el desarrollo del sistema inmunitario.
